Kriget reducerade Japan till noll, och Godzilla sänkte landet till minus. Två år har gått sedan dess, och landet har genomlidit svåra prövningar för att återhämta sig och äntligen återfå vardagen. Just när mänskligheten lyckats klamra sig fast vid en dyrköpt fred slår ett nytt hot till och krossar allt hopp på ett ögonblick.